H Μαρία Ναυπλιώτου γεννήθηκε στην Αθήνα όπου και κατοικεί μέχρι σήμερα. Από τα μαθητικά της χρόνια ασχολήθηκε με το χορό. Αρχικά παρακολούθησε μαθήματα στη σχολή της Ροδόπης Κούβαρη, ενώ αμέσως μετά σπούδασε στην Επαγγελματική Σχολή Χορού της Ραλλούς Μάνου, από την οποία και αποφοίτησε. Με την ολοκλήρωση των σπουδών της, ξεκίνησε την επαγγελματική της καριέρα ως χορεύτρια, συνεργαζόμενη από το 1987 έως το 1992 με το «Ελληνικό Χορόδραμα» της Ραλλούς Μάνου και την περίοδο 1990-1992 με το μοντέρνο χορευτικό συγκρότημα «Ανδρομέδα». Από το 1992 έως το 1996 ήταν η κορυφαία χορεύτρια στο χοροθέατρο «Ροές» της Σοφίας Σπυράτου.
Το 1992 εμφανίστηκε για πρώτη φορά στον κινηματογράφο στην ταινία «Νησί». Το 1993 πρωταγωνίστησε στην ταινία μικρού μήκους της Μαρίας Ντούζα «Από δω και πέρα». Από το 1996 μέχρι και το 1998 φοίτησε στη δραματική σχολή «Σύγχρονο Θέατρο Αθήνας» του Γιώργου Κιμούλη. Είχαν προηγηθεί μαθήματα υποκριτικής στο θεατρικό εργαστήρι του Γιάννη Ρήγα.
Το 1996 έκανε το ντεμπούτο της στην τηλεόραση συμμετέχοντας στην τηλεταινία του Αλέξανδρου Παπαηλιού «Η Νιόβη χόρευε τη ζωή της», ενώ τη σεζόν 1998-1999 πρωταγωνίστησε στην τηλεοπτική σειρά του Mega «Η αίθουσα του θρόνου». Τον Ιανουάριο του 1999 πρωτοεμφανίστηκε στο θέατρο ως Κάθρην Χόλλυ στην παράσταση του έργου του Τενεσί Ουίλιαμς «Ξαφνικά πέρσι το καλοκαίρι» που ανέβηκε στη Νέα Σκηνή του Εθνικού Θεάτρου σε σκηνοθεσία του Κοραή Δαμάτη. Το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς ερμήνευσε την Αντιγόνη στις «Φοίνισσες» του Ευριπίδη που παρουσίασε το Κρατικό Θέατρο Βορείου Ελλάδος στην Επίδαυρο, στο Ηρώδειο και σε άλλα αρχαία θέατρα. Από τότε συμμετέχει σε παραστάσεις που παρουσιάζονται στις δύο κρατικές σκηνές, το Εθνικό Θέατρο και το Κ.Θ.Β.Ε,στο Φεστιβάλ Αθηνών,στη Στέγη Γραμμάτων και Τεχνών,στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών καθώς και σε ιδιωτικά θέατρα,όπως το θέατρο Ακροπόλ και το θέατρο Κάππα, ερμηνεύοντας σημαντικούς ρόλους του ελληνικού και διεθνούς ρεπερτορίου υπό τις οδηγίες σπουδαίων σκηνοθετών όπως: ο Σ. Λιβαθινός, με τον οποίο συνεργάζεται επί σειρά ετών στην Πειραματική Σκηνή του Εθνικού αλλά και εκτός αυτής,ο Κ.Ρήγος, ο Μ.Μαρμαρινός, ο Γ.Μιχαηλίδης, η Ν.Κοντούρη, ο Σ.Ουνκόφσκι, ο Ν.Μιλιβόγεβιτς, ο Γ.Κόκκος, ο Ε.Γαβριηλίδης, ο Κ.Δαμάτης, ο Ε.Στούμπε, η Μ.Κάλμπαρη, η Σ.Σπυράτου, ο Π.Ζούλιας, ο Θ.Γλυνάτσης, ο Π.Μουστάκης, ο Γ.Κακλέας, ο Β.Νικολαΐδης, η Λ.Κονιόρδου,ο Γ.Κοντραφούρης και ο Ν.Χουρμουζιάδης.Το 2010 συνεργάστηκε με τον Goran Bregović στην παρουσίαση του έργου του «Ημερολόγια μιας Θλιμμένης βασίλισσας» στο Ηρὠδειο και στο Μέγαρο Μουσικής Θεσσαλονίκης. Την περίοδο 2012-2013 πρωταγωνίστησε στην «Οδύσσεια» του Robert Wilson που βασιζόταν στο έπος του Ομήρου και ήταν μια συμπαραγωγή του Εθνικού Θεάτρου και του Piccolo Teatro di Milano που παρουσιάστηκε στην Ελλάδα και την Ιταλία. Το 2014 πρωταγωνίστησε στη «Δυτική Αποβάθρα» του Ludovic Lagarde μια συμπαραγωγή του Εθνικού Θεάτρου και της Comedie de Reims που παρουσιάστηκε τον Ιούνιο στη σκηνή "Νίκος Κούρκουλος" και το Νοέμβριο στη Γαλλία. Από το 2018 ως σήμερα πρωταγωνιστεί στην πολυβραβευμένη sold out παράσταση «Master Class» του T. McNally σε σκηνοθεσία Ο.Παπασπηλιόπουλου.
Το 2019 συμμετείχε στο «DAU» του Ιλια Κρζανόφσκι ένα διαφορετικό και φιλόδοξο κινηματογραφικό πείραμα.
Έχει βραβευτεί με το Κρατικό Βραβείο Β΄ Γυναικείου Ρόλου για την ερμηνεία της στην ταινία «Η ψυχή στο στόμα» του Γιάννη Οικονομίδη και με το Βραβείο Καλύτερης Ηθοποιού στο 22ο Διεθνές Φεστιβάλ Αλεξάνδρειας για την ερμηνεία της στην ταινία «Η χορωδία του Χαρίτωνα» του Γρηγόρη Καραντινάκη. Για τις ερμηνείες της στις παραστάσεις του Εθνικού Θεάτρου «Τέταρτη Αδερφή» (σκην.:Σ.Ουνκόφσκι) και «Bossa Nova» (σκην.:Κ.Ρήγος) καθώς και στο «Master Class» (σκην: Ο.Παπασπηλιόπουλος) έχει βραβευτεί με τα θεατρικά Βραβεία Κοινού από το περιοδικό "Αθηνόραμα".
H Μαρία Ναυπλιώτου ανέλαβε το ρόλο της Πρωθιέρειας στην Τελετή Αφής της Ολυμπιακής Φλόγας για τους Ολυμπιακούς Αγώνες του Πεκίνου(24 Μαρτίου 2008) και για τους χειμερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του Βανκούβερ (22 Οκτωβρίου 2009).
Το 2012-2013 συμμετείχε ως frontwoman στο συγκρότημα Tricky Pony.
